Javni prijevoz
Autobus
Murter je, kao polazišna luka za NP Kornati, povezan redovnim linijama s autobusnim kolodvorom Šibenik.
Osobni automobil
Osobnim automobilom iz smjera Zagreba do Murtera moguće je doći autocestom A1 do izlaza Pirovac. Od izlaza vožnja se nastavlja cestama D59 i D121 do Murtera. Po dolasku u Murter (polazišna luka koja je najbliža NP Kornati) do NP Kornati moguće je doći isključivo plovilom (vlastitim, unajmljenim ili izletničkim).